Les insectes nuisibles principaux sont ceux qui se nourrissent de racines tels que le taupin, les larves de puce, et le charançon des patates douces. Les maladies que l’on a constaté sont la pourriture noire, la formation de croûtes, la jaunisse fusarienne, les nématodes cécidogènes et les pourritures après la récolte. Les cultivars résistants, la rotation des cultures, l’assainissement, et la gestion des mauvaises herbes sont des éléments essentiels pour la gestion des nuisibles et des maladies.
Les patates douces ne doivent pas être récoltées avant d’avoir atteint 300 grammes. Une bonne méthode consiste à tailler les plantes avant la récolte pour ne pas qu’elles gênent le travail, minimisant ainsi le risque d’abîmer les patates. On peut utiliser une charrue à versoir pour sortir les racines de terre sans trop risquer de les abîmer. Les patates douces sont triées directement dans le champ et sont placées dans des cagettes avant d’être stockées.
Après la récolte, les patates douces sont soumises à un processus pour favoriser la cicatrisation des parties abîmées (après qu’on les ait sorties de terre, par exemple). Le pré-stockage protège les racines de nombreuses maladies pendant le stockage et prolonge la durée de conservation après le stockage de la racine. Par ailleurs, le pré-stockage améliore la saveur et la texture de la racine. Le pré-stockage s’effectue idéalement à 30 °C avec une humidité relative de 80 à 90 %. Après le pré-stockage, les patates douces peuvent être stockées pendant 4 à 7 mois dans des conditions appropriées, notamment avec une bonne ventilation. On nettoie les patates douces en les brossant ou en les lavant et parfois même en les cirant avant de les empaqueter dans des boîtes, des caisses ou des paniers destinés au marché.